O Gorila Grodd reúne os principais criminosos de Gotham City para apresentar sua nova invenção: uma máquina do tempo. A súbita aparição do Batman faz com que o super-herói e todos os envolvidos sejam enviados rumo ao Japão feudal. Lá, cada vilão assumiu o controle de uma região e tenta, à sua maneira, unificar o país. Neste contexto, Batman precisa lidar com as limitações da ausência de tecnologia ao mesmo tempo em que descobre que é cultuado por habitantes locais, que acreditam que sua chegada estava prevista em uma profecia.