A série acompanha as grandiosas aventuras do quarteto de tartarugas humanoides guerreiras que são treinadas pelo mestre Hamato Yoshi. Hamato era um mestre de ninjutsu que, quando foi expulso do seu clã no Japão, foi viver em Nova Iorque e acabou encontrando quatro tartarugas cobertas por um líquido estranho em um bueiro. Ao tocar no líquido, Yoshi e as tartarugas acabaram sofrendo uma mutação. As tartarugas foram transformadas em humanoides e Yoshi em um homem-rato.