Após os eventos do filme de 1998, o filho do lendário monstro Godzilla sobrevive e é criado por uma equipe de pesquisadores liderada por Nick Tatopoulos. Juntos, eles enfrentam novas criaturas gigantes e ameaças ao redor do mundo, enquanto Godzilla prova ser tanto uma força destrutiva quanto um protetor da humanidade.