No terceiro filme da saga, Thomas (Dylan O' Brien) embarca em uma missão para encontrar a cura para uma doença mortal e descobre que os planos da C.R.U.E.L podem trazer consequências catastróficas para a humanidade. Agora, ele tem que decidir se vai se entregar para a C.R.U.E.L e confiar na promessa da organização de que esse será seu último experimento.